J’avais ce problème sous Linux Mint où VLC ne voulait pas se fermer totalement une fois un média fini. Ce n’était pas systématique, mais je devais alors utiliser un kill -9.

Cette astuce semble marcher pour le moment :

setting Video Output to 'XVideo output (XCB)' also works

VLC → Outils → préférences → préférences avancées → chercher "module de sortie vidéo".
Trouver le paramètre intitulé spécifiquement « paramètre généraux de modules de sortie vidéo » puis « module de sortie vidéo » et mettre « Sortie vidéo “Xvideo (XCB)” ».
Enregistrer, puis relancer VLC