Faire des graphes (avec des entités et des relations), on trouve plein de logiciel pour faire ça. Mais le plus dur c'est de les ré-arranger nos graphes pour en faire quelque chose de lisible et de présentable. C'est compliqué, long, et le résultat n'est pas toujours très bon.
C'est là où yEd est intéressant: En quelques clics, il peut ré-arranger vos graphe. Exemple: https://www.youtube.com/watch?v=OmSTwKw7dX4&t=25s
Ce logiciel supporte de nombreux types de graphes, et il est toujours gratuit pour Windows, Mac et Linux.