Les messages suivants apparaissent lorsque la mise ajour de shaarli échoue ...

ERROR - Impossible de mettre à jour shaarli : Une erreur s’est produite durant l’exécution du script de mise à niveau de l’application

633  processing action [28699.1]: yunohost.backup.create with args={'methods': None, 'description': None, 'apps': ['shaarli'], 'system': None, 'output_directory': None, 'name': 'shaarli-pre-upgrade2'}

WARNING - 640  Une archive de sauvegarde avec ce nom existe déjà.
WARNING - Backup failed, the upgrade process was aborted.

Effectivement, ces fichiers

• shaarli-pre-upgrade2-old.info.json
• shaarli-pre-upgrade2-old.tar.gz
  ... existent déjà dans /home/yunohost.backup/archives/

Je résouds le problème avec les commandes suivantes :

mv /home/yunohost.backup/archives/shaarli-pre-upgrade2.info.json /home/yunohost.backup/archives/shaarli-pre-upgrade2-old.info.json 
mv /home/yunohost.backup/archives/shaarli-pre-upgrade2.tar.gz /home/yunohost.backup/archives/shaarli-pre-upgrade2-old.tar.gz

Il semble que tout n'ai pas correctement fonctionné lors d'une mise à jour antérieure de shaarli.
Dans mon cas, supprimer le fichier data/update.txt a permis de résoudre le problème.

Petite astuce (avec une seule ligne de CSS) pour mettre dans Shaarli une petite icône quand il s'agit d'un lien externe (c'est à dire qui ne pointe par sur Shaarli lui-même).
Pour voir le résultat: http://links.nekoblog.org

Un outils en ligne de commande pour poster quelque chose sur son Shaarli.
Penser à modifier le script pour le faire pointer sur son propre shaarli !